这些东西，当年的奏疏、卷宗等桩桩件件，都还尚存，都察院只要行勘，这些东西逃得过劳堪的审断吗？这点显然是不可能的，所以罗万化劝陈经邦放手，虽然林希元对陈经邦有师徒情谊，但是现在的情况对于林家来说是极为不利的，陈经邦再把自己搭进去就是极为不智的行为了。
本来陈经邦和此事就没有任何关系，也算尽力为林家争取了，于情于理都算说的过去了，只怪当年林家把事情做得太绝，现在申时行等人要报复林家，也是人之常情，朱纨也不是没有朋友的，尤其是在苏州，为他打抱不平的人多了去了，这次就是千载难逢的好机会，申时行等人肯定是不会放过这个机会的。
陈经邦失魂落魄了离开了罗万化家，随后向朱载坖上疏乞休，但是被朱载坖留中，而朱载坖随后召见了右都御史劳堪，朱载坖召见劳堪的目的很简单，就是此案应该怎么办。
劳堪是老刑名了，在办案上是极有经验的，当朱载坖问道此事的时候，劳堪已经是成竹在胸了，劳堪说道：“陛下，眼下此案，主要是厘清两个问题，第一就是林家是否通番，若林家当年通番，则朱纨之冤，即可昭雪，第二就是朱纨之死是否与林家有涉，此则系林家罪状轻重之根本。”
劳堪的这个看法确实是很符合朱载坖的想法的，厘清这两点，就可以明确当年朱纨的冤屈和林家罪情的轻重，这点是极为重要的。
同时劳堪向朱载坖请求，提押林家和朱纨家人到京师候审，同时向当年涉案或者是知情人询问事情的真相，因为知道当年旧案的人，很多都是大明的高官大将，没有朱载坖的许可，都察院是不能直接讯问他们的，朱载坖同意了劳堪的请求，准允劳堪便宜行事。
在得到朱载坖的准允之后，劳堪随即开始行动起来了，劳堪签发牌票，命令福建地方官府解送林希元家人到京师来，同时命令苏州府派人送朱纨子孙及知晓当年事情的家人到京师来，同时派遣御史赴刑部、兵部、诸科、福建调取当年的卷宗和旧档，以供朝廷行勘。
同时对于当年知情人的后代，也派员询问，搜集证据，其中比较重要的现任军机大臣俞咨皋，他是俞大猷的儿子，而当时俞大猷认福建都指挥佥事，是朱纨信重的大将，还有卢镗的后代，他们都是当年知晓此事的人，同时就是行勘当年在朝廷上弹劾朱纨的这些人和他们当年的弹章，这些都是有档案在的，要寻找起来并不费事。
在劳堪的指挥下，都察院的御史们很快就调阅了相关的卷宗，同时予以审阅，这次奉朱载坖上谕，要求都察院按日公布行勘细节，以正天下视听，皇明时报也每日登载，明发全国。
都察院首先行勘的就是当年朱纨弹劾林希元的这些奏疏，其实就是明确一个问题，林家是否在当年通番，这个问题是极为重要的，关系到朱纨的弹劾是否属实上。
朱纨认为林家通番的原因主要有两个，第一就是林家人口的暴增和财产的不合理增加，据林希元自己和当时同僚的记录，林希元居官似乎是比较清廉的，按林希元自己的说法：“嘉靖三年甲申冬十月，予致仕政归，寄寓外家郭氏。延宾无所，当道之见过者相接无常处，咸讶焉。予欲营居第，归囊方罄，莫敢拟也。”
他第一次被罢官之后，回到家乡连房产都没有，寄居亲戚家，这点也得到了证实，同时都察院还调取了林希元家的户帖，林希元只有两子，按理说家庭人口是不多的。但是在嘉靖二十六年，林希元向京师的同科们求援以及事后致谢的书信、文章中，林希元是怎么说的？林希元说：“然强盗突如其来，阖门八十口能脱虎口，又不可谓无天道。”
也就是说林希元家在嘉靖二十六年已经有八十余口，这显然不合常理，林希元是人，不是兔子，不可能这么快就使得林家的人口增加这么多的，即便从嘉靖三年起算，到嘉靖二十六年，其间也不过短短二十余年，他家的人口翻了几翻。就常理而言，这似乎不太可能。
而且都察院审阅林家户帖，也发现了一个很奇怪的情形，正常来说，士大夫在发迹之后，在自己的家乡接受投献，这是很正常的，正常的情况是为了躲避朝廷的赋税徭役，百姓将自己的土地和自己都投献到士大夫家中，也就是说，正常来说，如果是接受投献的话，是田产和人口的同步增加，即田产和相应的人口都要增加，林家既然接受了八十口人的投献，必然也应该存在相应的土地投献才是。
但是林家的田产却没有增加，这就很令人的怀疑的，所以合理的解释就是林希元参与了走私活动，所以才需要大量雇佣家丁，正如朱纨所说“招亡纳叛，广布爪牙”。
同时在林希元为自己邀功的上巡按二司防倭揭帖中说道：“幸家丁、店客齐心奋击，擒斩杨薰卿等六贼，因得其姓名、籍贯，以告守巡道。”
劳堪认为这其中的所谓家丁、店客值得深究，首先就是林希元家中所豢养的家丁，他一个致仕的官员，家中豢养这么多的家丁适何用意？他的家丁还能够阵斩倭寇，说明战斗力不弱，如果是在九边，地主、官身豢养一些退伍士卒，有勇力尚且情有可原，那林希元出于什么目的豢养这么多的家丁，他又是如何招募了这么多有战斗力的家丁，他意欲何为？这点是值得深究的。
还有就是所谓的店客，劳堪认为，这些林希元口中的店客，就是走私商人，当时很多走私海商都通过“歇家牙行”收购商品，组织下海，因此史书又称之为“窝主”。既然林希元家中有店客，那么基本可以确定他作为窝主，参与了走私活动。这些店客在倭贼来犯时，之所以能够“齐心奋击”，主要原因恐怕还是为了保护自己的财货。
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