严嵩的目的是将此事交兵部，加以缓冲，因为严嵩自己不是擅长军务的人，而且朱纨是夏言所举荐的人，所以严嵩自然是不可能来保他的，严阁老没有落井下石已经算是够意思了。但是严嵩漏算了一点，就是当时兵部的堂官，尚书翁万达和侍郎詹荣都是闽粤人，他们自然对于朱纨不可能有什么好印象了。
当然也有可能是严阁老知道翁万达等人就是要搞朱纨，严阁老只不过是借刀杀人，敲打一下朱纨，但是没有想到翁万达等人将此事做的这么绝。
所以在兵部会同三法司看议之后，向朝廷复奏道：“切照国家制律，一应狱囚，鞫问明白，审录无冤，犹必转详，待报而后处决者慎刑之。所斩贼首李光头等并交通内应贼犯九十六名是否俱在夷船拒敌？曾否驾使双桅大船流劫边海，勾引外夷等项，应否斩首示众？处斩之时果否在于军前？如已擒获日久，因何不行奏请？贼擒于二月，奏发于三月，似非临阵者比，宜俟得旨行刑。”
兵部对于此事的结论，对于此事来说是盖棺定论的事情，兵部的这个结论以上，朱纨的擅杀之罪显然是成立了，朝廷不可能不追究此事的，于是严嵩拟票：“差兵科给事中杜汝桢与会同巡按御史陈九德从实查勘具奏。”
而世宗皇帝的朱批是：“朱纨不待奏请，辄便行杀，革了职听勘；卢镗、柯乔等差去官提了宪问。”
即便到了这个时候，不管是严嵩还是世宗皇帝，也没有对朱纨动杀心，这点是很清楚的，嘉靖生气的原因其实在朱批中已经是很说的很清楚的，嘉靖气恼的就是朱纨不待奏请，辄便行杀，杀人这么大的事情，都不向朝廷奏报了，你朱纨狂的没边了，不收拾一下怎么说的过去？
所以嘉靖其实已经为此事划了界限了，按照杀人的决策是朱纨做的，此事要处分，也是首先处分朱纨才是，但是嘉靖的处分是将朱纨罢官，卢镗、柯乔交科道行勘，轻重高下其实已经是很清楚了。即便是最后坐实此事，对于朱纨也不会处分的太重的，但是朱纨自杀，将此事搞得极为被动。
朱载坖在了解了此事的经过之后，问道：“诸位怎么看此事啊？”
现在要为朱纨昭雪，但是实际上是有个很尴尬的问题，就是朝廷其实从始至终都没有给朱纨定个明确的罪名，嘉靖在朱批中倒是确定了一点就是不待奏请，辄便行杀，这点其实也就是朱纨的死因，对于嘉靖来说，他是绝对不能容忍这种行为的，这是对于朝廷权力和皇权的侵犯，这是嘉靖一定要惩处他的主要原因。
但是在朱纨死后，嘉靖也就放过了此事，并没有继续追究此事，此事也就作罢了，所以昭雪一事实际上是有些尴尬的，因为朝廷并未定罪，何谈昭雪呢？
首辅申时行说道：“陛下，朱纨奉旨执法，闽中贵臣相呴纨不休而阴迫之死，此诚可叹息者！”申时行的意思其实是很明确的，就是要查明朱纨之死的缘由，也就是所谓的闽中贵臣阴迫之死，朱载坖并没有立即回应申时行的说法，而是问道：“劳总宪怎么看此事？”
现在事情的重点就来到了劳堪的身上，作为主审此案的右都御史，劳堪是很清楚其中的份量的，苏松籍官僚必欲借此次为朱纨翻案狠狠地打击闽粤籍官员，因为从开海以来，闽粤海商集团的势力迅速膨胀，很快就有与东南商帮们分庭抗礼了，有了雄厚的资本，这些人的腰杆自然也是挺起来了，他们在朝廷中现在也是一股重要的力量，同时和东南士绅集团全面斗争，不仅仅是争夺经济利益，还有政治权力，所以这次东南士绅集团才会这么积极的配合朱载坖，打击闽粤集团，朱载坖也一改之前对于东南士绅集团的打击态度，积极支持东南士绅集团和闽粤集团对抗。
现在围绕着朱纨一案，两方争执不休，而劳堪作为朱载坖所指定的主审此案的都御史，自然是要以朱载坖的意志为准的，朱载坖现在是要借东南士绅这把刀收拾现在跳的最高的闽粤集团，这点是劳堪很清楚的事情，但是作为朱载坖的近臣，劳堪也很清楚，朱载坖一向对于东南士绅群体是持防范态度的，之前朱载坖就已经多次打击过东南士绅群体了，这次的合作是否会改变朱载坖的一贯态度，这点是极为重要的。
也是考验劳堪政治智慧的一个重要点，对于劳堪来说，必须要根据朱载坖的意思，拿出一个相对说得过去的想法，在此之前，劳堪已经仔细思量过此事了，对于朱载坖来说，闽粤商人集团现在确实是大明最跳脱的一个商人集团，也是朝廷现在要重点打击的对象，这点事毋庸置疑的，但是朝廷重点打击闽粤集团不等于放纵东南士绅，虽然朱载坖现在是和东南士绅们合作，但是朱载坖也不愿闽粤集团被打击的过于狠了，这点对于朱载坖来说是没什么好处的。
所以劳堪斟酌了一下语句说道：“陛下，臣钦奉上谕，看详本案一应文书，虽未得全貌，然大略已清。林希元通番，此昭然之事也。”
这点是现在大明都知道的事情，朱纨当年弹劾林希元通番，应该是确凿无疑的事情，同时林希元还利用自己的官身和在当地的势力，挟制地方官府，致仕后，林希元对地方事务的干涉力度更大。同安遭袭时，朱纨调动乡兵，林希元竟然“不容调发”。其后，又“建议搜检一城居民”，甚至妄称“赤岭之贼，旗帜满山”。
这些都是已经很清楚的事情，现在要惩处林希元，这点是很清楚的事情，但是为朱纨昭雪一事，就比较复杂了，首先就是朱纨擅杀一事，其实是很清楚的，非要为之辩白，也很困难。
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