从朝廷和皇帝的角度来说，朱纨当时的行为，就是擅杀无疑，而且朱纨是自杀的，在其死后，朝廷并没有再进行追究了，这确实是一个很重要的问题，作为右都御史，劳堪认为自己还是有义务将此事说清楚的，劳堪说道：“陛下，臣审得此事，朱纨之自杀，原因有三，贪昧隐忍，茹柔吐刚，上不能塞责，下不能取容，一也；漳捷既传，贼徒警动，一时航海者数千家，城中聚观者，日以万数，仓卒祸起，必坐激变，二也；身不知退，被论逐回，三也。”
对于此事，劳堪的评价还是比较客观的，朱纨的死，确实是和这些所谓的闽粤豪商脱不了干系，但是朱纨自己的性格特点也确实是造成了这个悲剧，这点确实还是比较中肯的，朱纨在被弹劾之后就显得极为焦躁，多次在给同僚的书信中说道：“不死盗贼之手，必死笔舌之锋。”
当然，在其中出力最大的就是这些闽粤等地的官僚们，在朱纨之死中，兵部侍郎詹荣起到了极为重要的作用，詹荣在给朝廷上疏中说道：“夷船初在旧浯屿地方，及逐出复回灵宫澳下湾，曾否登岸及的海打劫杀人？所开纸帖、货帐是否居民勾引接买启卹？该地方官员曾否为其追理？及查往年夷船突至沿海劫掠，及止作买卖未曾劫掠者，各应得何罪？该省相沿旧规作何处分，应否即行擒杀？再照前项夷贼虽称敌获，被伤兵伕，有无隐匿失事重情？斩获贼犯首级是否真正？生擒夷王党类作何审处？交通内应贼犯是否情真，有无枉误？”
对于朱纨进行了极为严厉的弹劾，如果说时任兵部尚书翁万达是迫于乡党的压力在这件事情上顺水推舟的话，那詹荣就是积极促进此事，在其中上蹿下跳，必欲扳倒朱纨，詹荣以“福建多贤之乡，廷论素所倚重”，在朝廷中造势，营造出朱纨在福建荼毒士绅的形象，然后又借由朱纨擅杀一事，将此事闹大，想要将朱纨扳倒，这点确实是很清楚的事情。
劳堪说完之后，王锡爵赶紧说道：“陛下，朱纨奉旨行事，漳人大恐，有尽室浮海者，日走往聚观诸俘，偶语藉藉，逾时乃定。捷闻，则与连者无所释憾，反疏言其擅杀作威，此岂朝廷待功臣之道也？”
朱载坖问道：“当年此案，如何了结的？”
劳堪向朱载坖详细汇报了此案的了结过程，经过科道的行勘，认为朱纨身负大罪，反上疏告捷。而卢镗、柯乔与朱纨相佐，应以首犯论处，其他官员如通判翁灿、指挥李希贤等罪次之，指挥佥事汪有临、知府卢璧、参将汪大受又次之；拒捕顽抗的葡萄牙人方叔摆等四人当处死，其余佛南波二者等 51 名当安置；见存通番奸徒当如律发配发遣。兵部三法司根据杜汝桢等人的调查进行复审，判处朱纨、卢镗、柯乔有罪，翁灿等人下巡按御史审问，汪有临等人分别予以罚俸等惩处。
但是由于朱纨已死，实际上在朱纨死后，没有继续追究，申时行等人出班奏道：“陛下，朱纨自戕，使忠良扼腕，天下叹息，中外皆摇手不敢言禁事，伏祈陛下大振乾纲，裁自宸衷，厚加褒扬，严究幕后主使，以慰忠臣之心也！”
申时行的话基本代表了整个东南士绅的看法，就是通过为朱纨昭雪，厚加赠谥，来达到对于朱纨的褒扬，同时既然朝廷要褒扬朱纨，自然是要对于当年陷害朱纨的这些人加以严惩，这点是肯定的，林希元肯定是不用说的，还有詹荣、陈九德、翁万达等人，都在当年陷害朱纨的过程中出了力的，这些人都是闽粤的世家豪强，自然是东南士绅们严厉打击的对象，正好可以借机收拾一下闽粤集团。
而朱载坖则是要借机整顿闽粤走私和地方宗族势力，加强朝廷对于闽粤的控制，从某种意义上来说，朱载坖这次和东南士绅们的目的是一致的，都是要整顿闽粤，但是具体怎么做的问题上，朱载坖还是有自己的想法的。
朱载坖于是说道：“林希元通番一事，现既审明，送法司依律惩处，朱纨为国执法，深可悯恻，令礼部详议身后恤典，报与朕知，至于其余诸人，都察院详查之后，再拟来处断。”
对于现在这种情况，朱载坖还是作出了自己的决断，对于此案的祸首林希元及其家族，自然是不能放过的，要予以严惩，这是为了警示这些闽粤的地方势力，不要天高皇帝远，朝廷就把你没有办法，想要倚仗自己的家族势力和朝廷作对，就要做好抄家灭族的准备。
对于朱纨，朱载坖自然也要是予以褒扬的，朱纨执行的事朝廷的大政，不管海禁政策在当时是否合理，毕竟那是朝廷和皇帝都点头了事情，尤其是朱纨在大计海盗、倭寇等方面还是取得了很大的成效的，所以朱载坖认为应当予以褒扬，而同时对于涉案的其他人等，朱载坖却并没有立即予以处理。
朱载坖之所以这么做，一方面是由于此案的时间毕竟已经十分之遥远了，即便是朝廷想查，也很难追查清楚，都察院也需要时间将相应事情弄清楚，第二一个方面就是引而不发才是最好的办法，现在朱载坖已经拿住了闽粤集团的把柄，主动权在朱载坖手上，就不必轻率的决定，何况此事是太子在做，朱载坖不能越俎代庖，否则在这些人眼中，朱载坖就是来为太子站台的，这并不是朱载坖的本意，朱载坖是希望太子在其中展示自己的政治手腕的，所以对于涉及的刀其他人，朱载坖命令都察院继续查下去。
这个继续查就很有意思了，查到什么为止，波及到哪些人？都取决于朱载坖这个皇帝的心意，这就是朱载坖让劳堪处置此案的原因，必须要保证此案始终在朱载坖的牢牢掌握之中，不能偏离方向，这点是很重要的。
()
。
